تخم هاي جوجه كشي بايد كاملا در دماي زير نقطه فيزيو لوژيك ذخيره شوند (23،9 درجه).دماي مناسب براي ذخيره سازي 12،8 تا 15،5 درجه مي باشد.براي يك جوجه كشي خوب ميزان رطوبت توصيه شده 75 تا 80 درصد است.رطوبت نسبي بالا منجر به افزايش رشد قارچها مي شود كه اين خود سبب آلودگي تخمها مي گردد.بيشترين زمان نگهداري تخم جوجه كشي تحت دماي لازم و رطوبت 5 تا 7 روز است و مقدار بيشتر از ان روي جوجه كشي اثر معكوس دارد و اگر لازم باشد كه تخم ها بيش از يك هفته نگهداري شوند بايستي چرخانيده شوند.اين چرخانيدن براي جلوگيري از چسبيدن نطفه به پوسته لازم است.
براي تميز كردن تخم ها از كاغذ سمباده يا پارچه تميز پشمس استفاده مي شودبه طوري كه به پوسته نازك آنها آسيب نرسد از تخم هاي كثيف نبايد براي جوجه كشي استفاده كرد.
آلودگي تخم ها از زمان تخمگذاري آغاز مي شود بنابراين توليدات روزانه تخم بايستي قبل از ذخيره شدن گاز داده شوند.